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crisprBwa
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DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBwa
基于bwa的CRISPR gRNA间隔序列比对
Bioconductor版本:发行版(3.16)
提供了一个用户友好的界面，使用bwa映射CRISPR gRNA间隔序列的靶上和脱靶。这种比对是快速的，可以使用常用的或定制的CRISPR核酸酶进行。这种比对可以用于任何参考或自定义基因组。目前Windows机器不支持。
作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre]
维护人员:Jean-Philippe Fortin
引文(从R内，输入引用(“crisprBwa”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“crisprBwa”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | crisprBwa简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 对齐，CRISPR，FunctionalGenomics，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | 方法 |
| 进口 | BiocGenerics，BSgenome，crisprBase(> = 0.99.15),GenomeInfoDb，Rbwa，readr统计数据,stringr,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/crisprVerse/crisprBwa |
| BugReports | https://github.com/crisprVerse/crisprBwa/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | crisprDesign |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | crisprBwa_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制文件(x86_64) | crisprBwa_1.2.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBwa |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crisprBwa |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/crisprBwa/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
