crisprBase

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBase

CRISPR gRNA设计的基本函数和类

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供S4类一般核酸酶，CRISPR核酸酶，CRISPR nickases，和碱基编辑器。几个CRISPR-specific genome arithmetic functions are implemented to help extract genomic coordinates of spacer and protospacer sequences. Commonly-used CRISPR nuclease objects are provided that can be readily used in other packages. Both DNA- and RNA-targeting nucleases are supported.

作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre]

维护:Jean-Philippe Fortin

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("crisprBase")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“crisprBase”)

超文本标记语言	R脚本	介绍crisprBase
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR，FunctionalGenomics，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	utils, methods, R (>= 4.1)
进口	BiocGenerics，Biostrings，GenomicRanges、图形、IRanges，S4Vectors，stringr
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/crisprVerse/crisprBase
BugReports	https://github.com/crisprVerse/crisprBase/issues
取决于我	crisprDesign，crisprViz
进口我	crisprBowtie，crisprBwa，crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	crisprBase_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	crisprBase_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	crisprBase_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	crisprBase_1.1.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprBase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprBase/
包下载报告	下载数据