conclus

DOI:10.18129 / B9.bioc.conclus

从共识集群到有意义的结论

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CONCLUS是一种用于单细胞RNA-seq (sc-RNA-seq)数据集的稳健聚类和阳性标记特征选择的工具。它利用了共识聚类方法，极大地简化了用户的sc-RNA-seq数据分析。值得注意的是，CONCLUS不包括下一代测序后获得的测序文件的预处理步骤。结论被组织成以下步骤:用一系列参数生成多个t-SNE图，包括从PCA中提取的不同基因的选择。使用基于密度的带噪声的应用空间聚类(DBSCAN)算法来识别每个生成的t-SNE图中的聚类。所有的DBSCAN结果被合并到一个单元格相似性矩阵中。细胞相似矩阵用于定义“CONSENSUS”聚类，这些聚类保守于先前定义的聚类解决方案。为每个一致聚类识别标记基因。

作者:Ilyess Rachedi [cre]， Nicolas Descostes [aut]， Polina Pavlovich [aut]， Christophe Lancrin [aut]

维护者:Ilyess Rachedi < Rachedi。Ilyess在gmail.com>

安装

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PDF	R脚本	conclus
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，分类，聚类，测序，SingleCell，软件，技术
版本	1.5.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，dbscan，fpc，factoextra，Biobase，BiocFileCache平行,doParallel，foreach，SummarizedExperiment，biomaRt，AnnotationDbi、方法、dplyr，食物，嘘，pheatmap，ggplot2，gridExtra，SingleCellExperiment， stats, utils，尺度， grDevices，图形，Rtsne，GEOquery，clusterProfiler，stringr、工具、rlang
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，S4Vectors，matrixStats，dynamicTreeCut，testthat
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包档案

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源包	conclus_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	conclus_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	conclus_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/conclus
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ conclusion
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/conclus/
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