comapr

DOI:10.18129 / B9.bioc.comapr

交叉分析与遗传图谱构建

Bioconductor版本:发行版(3.16)

comapr从单倍型状态序列中检测单配子的交叉间隔，并将交叉存储在GRanges对象中。遗传距离可以通过映射函数计算，使用估计的交叉率为制造者间隔。可视化功能用于绘制基于间隔的遗传图谱或累积遗传距离，这有助于揭示跨基因组和跨个体的交叉景观的变化。

作者:吕汝谦[aut, cre]

维护者:吕汝谦<小如。最佳:gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("comapr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“comapr”)

超文本标记语言	R脚本	Get-Started-With-comapr
超文本标记语言	R脚本	single-sperm-co-analysis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，SingleCell，软件，可视化
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	方法,ggplot2，reshape2，dplyr，gridExtra，情节，circlize，rlang，GenomicRanges，IRanges，foreach，BiocParallel，GenomeInfoDb，尺度，RColorBrewer，tidyr，S4Vectors跑龙套,矩阵、网格数据,SummarizedExperiment，plyr，Gviz
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,statmod
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	comapr_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	comapr_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	comapr_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	comapr_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/comapr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ comapr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/comapr/
包下载报告	下载数据