cogeqc

DOI:10.18129 / B9.bioc.cogeqc

系统质量检查比较基因组学分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

cogeqc旨在促进系统的质量检查标准比较基因组学分析帮助研究人员发现问题并选择最合适的参数为每个数据集可以使用cogeqc驴:即基因组与车身装配质量;二世。orthogroup使用蛋白质域的方法和推理;三世。同线性检测使用同线性网络特性。也有数据可视化功能探索QC汇总统计。

作者:法布Almeida-Silva (aut (cre),伊夫Van de同行(aut)

维护人员:法布Almeida-Silva < fabricio_almeidasilva hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cogeqc”)

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文档

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browseVignettes (“cogeqc”)

HTML	R脚本	评估基因组组装
HTML	R脚本	评估orthogroup推理
HTML	R脚本	评估同线性识别
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文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics,FunctionalGenomics,GenomeAssembly,网络,系统发生学,质量控制,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	跑龙套、图形、数据、方法、reshape2,ggplot2,ggtree,拼接而成,igraph,Biostrings
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),sessioninfo,knitr,BiocStyle,rmarkdown,covr
SystemRequirements	车身(> = 5.1.3)
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/cogeqc
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/cogeqc
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cogeqc_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	cogeqc_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cogeqc_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cogeqc_1.1.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogeqc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cogeqc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cogeqc/
包下载报告	下载数据