coMethDMR

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMethDMR

表观基因组相关研究中共甲基化和差异甲基化区域的准确识别

Bioconductor版本:发行版(3.16)

coMethDMR通过优化利用预定义基因组区域内CpGs的协变来识别与连续表型相关的基因组区域。coMethDMR没有检测基因组区域内的所有cpg，而是进行了一个额外的步骤，在不使用任何结果信息的情况下，首先选择共甲基化的子区域。接下来，coMethDMR使用随机系数混合效应模型测试子区域内甲基化和连续表型之间的关联，该模型同时模拟该区域内CpG位点之间的变化和差异甲基化。

作者:Fernanda Veitzman [cre]， Lissette Gomez [aut]， Tiago Silva [aut]， Ning Lijiao [ctb]， Boissel Mathilde [ctb]， Lily Wang [aut]， Gabriel Odom [aut]

维护者:Fernanda Veitzman

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“coMethDMR”)

超文本标记语言	R脚本	具有并行计算的coMethDMR
超文本标记语言	R脚本	介绍coMethDMR
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，GenomeWideAssociation，MethylationArray，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	AnnotationHub，BiocParallel，bumphunter，ExperimentHub，GenomicRanges，IRanges，lmerTest，方法，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，corrplot，knitr，rmarkdown，testthat，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR
BugReports	https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	coMethDMR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	coMethDMR_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	coMethDMR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	coMethDMR_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMethDMR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ coMethDMR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coMethDMR/
包下载报告	下载数据