chromstaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromstaR

ChIP-Seq数据的组合和差分染色质状态分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包实现了ChIP-seq数据的组合和微分分析函数。它包括单峰和多峰调用，导出到基因组浏览器可见文件，以及用于丰富分析的函数。

作者:Aaron Taudt, Maria Colome Tatche, Matthias Heinig, Minh Anh Nguyen

维护者:Aaron Taudt < Aaron。在gmail.com taudt >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("chromstaR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“chromstaR”)

PDF	R脚本	chromstaR用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，HiddenMarkovModel，HistoneModification，ImmunoOncology，MultipleComparison，PeakDetection，测序，软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges，ggplot2，chromstaRData
进口	方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，reshape2，Rsamtools，GenomicAlignments，bamsignals，mvtnorm
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，biomaRt
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/chromstaR
BugReports	https://github.com/ataudt/chromstaR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chromstaR_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	chromstaR_1.24.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	chromstaR_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	chromstaR_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromstaR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromstaR/
包下载报告	下载数据