ceRNAnetsim

DOI:10.18129 / B9.bioc.ceRNAnetsim

miRNA与竞争rna相互作用调控模拟器(ceRNA)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包模拟了在一个或多个miRNA/ mrna的表达水平发生变化后，ceRNA(竞争性内源性)表达水平的调节。软件包采用的方法有潜力将任何ceRNA (circRNA、lincRNA等)纳入miRNA:靶相互作用网络。该包基本上将miRNA的表达分布在可用的ceRNA上，每个ceRNA吸引的miRNA与其数量成正比。但是，该包可以利用多个参数来修改miRNA对目标的影响(种子类型、结合能、结合位置等)。函数将给定的数据集作为图形对象处理，并通过边和节点变量进行处理。

作者:Selcen Ari Yuka [aut, cre]， Alper Yilmaz [au]

维护者:Selcen Ari Yuka

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ceRNAnetsim”)

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细节

biocViews	GraphAndNetwork，网络，NetworkInference，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3.0)
取决于	R (> = 4.0.0),dplyr，tidygraph
进口	furrr，rlang，宠物猫，ggplot2，ggraph，igraph，purrr，tidyr，未来,统计数据
链接
建议	knitr，png，rmarkdown，testthat，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/selcenari/ceRNAnetsim
BugReports	https://github.com/selcenari/ceRNAnetsim/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ceRNAnetsim_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	ceRNAnetsim_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ceRNAnetsim_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ceRNAnetsim_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ceRNAnetsim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ceRNAnetsim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ceRNAnetsim/
包下载报告	下载数据