cbpManager

DOI:10.18129 / B9.bioc.cbpManager

生成、管理和编辑适合在cBioPortal for Cancer Genomics中导入的数据和元数据文件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个R包提供了一个R Shiny应用程序，使用户能够生成、管理和编辑数据和元数据文件，适合导入cBioPortal for Cancer Genomics。创建癌症研究并编辑其元数据。上传患者的突变数据，并连接到本研究的data_mutation_extended.txt文件中。创建和编辑临床患者数据、样本数据和时间轴数据。为患者创建自定义时间轴跟踪。

作者:Arsenij Ustjanzew [aut, cre, cph]，费德里科·马里尼[aut]

维护者:Arsenij Ustjanzew < Arsenij。Ustjanzew在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cbpManager”)

超文本标记语言	R脚本	intro.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，GUI，ImmunoOncology，预处理，软件，ThirdPartyClient，可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3 +文件许可证
取决于	闪亮的，shinydashboard
进口	跑龙套,DT，htmltools，发呜呜声，plyr，dplyr，magrittr，jsonlite，rapportools，蛇怪，网状，shinyBS，shinycssloaders，rintrojs，减价
链接
建议	knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://arsenij-ust.github.io/cbpManager/index.html
BugReports	https://github.com/arsenij-ust/cbpManager/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cbpManager_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	cbpManager_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cbpManager_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cbpManager_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cbpManager
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cbpManager
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cbpManager/
软件包下载报告	下载数据