biodb

DOI:10.18129 / B9.bioc.biodb

Biodb，一个连接化学和生物数据库的库和开发框架

Bioconductor版本:发行版(3.16)

biodb包提供了对标准远程化学和生物数据库(ChEBI, KEGG, HMDB，…)的访问，以及内部本地数据库文件(CSV, SQLite)，易于检索条目，访问web服务，按质量和/或名称搜索化合物，并对LCMS和MSMS进行质谱匹配。其作为开发框架的体系结构有助于为本地项目或在单独发布的包中开发新的数据库连接器。

作者:Pierrick Roger [aut, cre]， Alexis Delabrière [ctb]

维护者:Pierrick Roger < Pierrick。收到，在cea.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biodb”)

超文本标记语言	R脚本	创建用于访问数据库的新连接器类。
超文本标记语言	R脚本	为条目创建一个新字段。
超文本标记语言	R脚本	关于一般*biodb*用法和原理的详细信息
超文本标记语言	R脚本	biodb包的介绍。
超文本标记语言	R脚本	操作入口对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，KEGG，软件
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	BiocFileCache，R6，RCurl，RSQLite，Rcpp，XML，嗯，jsonlite，lgr，生命周期、方法、openssl，plyr，进步，rappdirs统计数据,stringr、工具、withr，yaml
链接	Rcpp，testthat
建议	BiocStyle，roxygen2，devtools，testthat(> = 2.0.0),knitr，rmarkdown，covr，xml2，git2r
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pkrog/biodb
BugReports	https://github.com/pkrog/biodb/issues
全靠我
进口我	biodbChebi，biodbExpasy，biodbHmdb，biodbKegg，biodbLipidmaps，biodbMirbase，biodbNcbi，biodbNci，biodbUniprot，phenomis
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biodb_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	biodb_1.6.1.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	biodb_1.6.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	biodb_1.6.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biodb
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biodb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biodb/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档