benchdamic

DOI:10.18129 / B9.bioc.benchdamic

微生物组数据差异丰度方法的基准

Bioconductor版本:发行版(3.16)

从微生物组数据集(具有绝对计数值的16S或WMS)开始，可以执行多种分析来评估许多差分丰度检测方法的性能。提供了主要差异丰度分析方法的基本和标准化版本，但用户也可以将自己的方法添加到基准测试中。分析主要集中在4个方面:i)每种方法的分布假设对观测计数数据的拟合优度，ii)控制错误发现率的能力，iii)方法内部和之间的一致性，iv)如果给定任何先验知识，结果的真实性。有几个图形化函数可用于结果可视化。

作者:Matteo Calgaro [aut, cre]， Chiara Romualdi [aut]， Davide Risso [aut]， Nicola Vitulo [aut]

维护者:Matteo Calgaro

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("benchdamic")

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文档

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细节

biocViews	DifferentialExpression，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，归一化，预处理，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	Stats, stats4, utils，方法，phyloseq，TreeSummarizedExperiment，BiocParallel，zinbwave，刨边机，DESeq2，limma，ALDEx2，SummarizedExperiment，桅杆，修拉，ANCOMBC，NOISeq，dearseq，metagenomeSeq，玉米棒子，MGLM，ggplot2，RColorBrewer，plyr，reshape2，ggdendro，ggridges、图形、cowplot，tidytext
链接
建议	knitr，rmarkdown，kableExtra，BiocStyle，SPsimSeq，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues
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包档案

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源包	benchdamic_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	benchdamic_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/benchdamic
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/benchdamic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/benchdamic/
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