啤酒
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DOI:10.18129 / B9.bioc.beer
R中的贝叶斯富集估计
Bioconductor版本:发行版(3.16)
BEER实现了一个分析噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-seq)数据的贝叶斯模型。给定一个PhIPData对象，BEER返回丰富抗体反应的后验概率，相对于阴性对照样本的相对折叠变化的点估计，等等。此外，BEER提供了一种方便的实现，用于使用edgeR来识别富集的抗体反应。
作者:Athena Chen [aut, cre]
， Rob Scharpf [aut]， Ingo Ruczinski [aut]
维护者:Athena Chen
引文(从R内，输入引用(“啤酒”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("beer")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“啤酒”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 啤酒 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 贝叶斯，报道，测序，软件，StatisticalMethod |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.2.0)，PhIPData(> = 1.1.1),rjags |
| 进口 | cli，刨边机，BiocParallel、方法、progressr统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat(> = 3.0.0),BiocStyle，covr，codetools，knitr，rmarkdown，dplyr，ggplot2，拼写 |
| SystemRequirements | 安装缺口(4.3.0) |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/athchen/beer/ |
| BugReports | https://github.com/athchen/beer/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | beer_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | beer_1.2.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | beer_1.2.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | beer_1.1.3.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beer |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/beer |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/beer/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
