atena

DOI:10.18129 / B9.bioc.atena

转座因子分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

通过不同的方法，包括ERVmap, TEtranscripts和Telescope，从RNA-seq数据中量化转座因子(TEs)的表达。提供了一个公共接口来使用这些方法，其中包括构建一个参数对象，使用该对象调用量化函数，并获得一个summarizeexperimental对象作为量化表达式概要文件的输出容器。该实现允许以集成的方式量化TEs和基因转录本。

作者:Beatriz Calvo-Serra [aut, cre]， Robert Castelo [aut]

维护者:Beatriz Calvo-Serra < Beatriz。卡尔沃在upf.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“atena”)

超文本标记语言	R脚本	atena包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,预处理,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)，SummarizedExperiment
进口	方法、统计数据矩阵,BiocGenerics,BiocParallel,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,Rsamtools,GenomeInfoDb,SQUAREM,sparseMatrixStats,AnnotationHub,尺度,matrixStats
链接
建议	covr,BiocStyle,knitr,rmarkdown,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/functionalgenomics/atena
BugReports	https://github.com/functionalgenomics/atena/issues
全靠我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	atena_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	atena_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	atena_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/atena
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/atena
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/atena/
软件包下载报告	下载数据