airpart

DOI:10.18129 / B9.bioc.airpart

差异细胞类型特异性等位基因失衡

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Airpart通过利用单细胞等位基因计数，识别出跨细胞类型或状态显示差异细胞类型特异性等位基因失衡的基因集。它利用一种广义融合套索与二项观察的等位基因计数来划分细胞类型的等位基因不平衡。另外，还提供了一种划分单元格类型的非参数方法。该软件包包括许多用于检查单细胞等位基因不平衡数据集的可视化和质量控制功能。

作者:万森·穆，迈克尔·勒夫[au, ctb]

维护者:Wancen Mu < Wancen at live.unc.edu>

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("airpart")

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文档

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browseVignettes(“airpart”)

超文本标记语言	R脚本	airpart的差异等位基因不平衡
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细节

biocViews	ATACSeq，CellBiology，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，质量控制，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，转录，TranscriptomeVariant
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，S4Vectors，嘘统计数据,蓝精灵，apeglm(> = 1.13.3),emdbook，mclust，线索，dynamicTreeCut，matrixStats，dplyr，plyr，ggplot2，ComplexHeatmap，forestplot，RColorBrewer，rlang，lpSolve，网格，grDevices，图形，utils，pbapply
链接
建议	knitr，rmarkdown，roxygen2(> = 0),testthat(> = 3.0.0),gplots，tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Wancen/airpart
BugReports	https://github.com/Wancen/airpart/issues
取决于我
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包档案

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源包	airpart_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	airpart_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	airpart_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	airpart_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airpart
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ airpart
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/airpart/
包下载报告	下载数据