affxparser

DOI:10.18129 / B9.bioc.affxparser

Affymetrix文件解析SDK

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于解析Affymetrix文件(CDF, CEL, CHP, BPMAP, BAR)的包。它提供了使用Affymetrix的Fusion SDK对Affymetrix文件进行快速和内存高效解析的方法。支持基于ASCII和基于二进制的文件。目前，有读取芯片定义文件(CDF)和单元强度文件(CEL)的方法。这些文件可以全部读，也可以部分读。例如，可以非常快速地从一组CEL文件中提取来自几个探测集的探测信号到一个方便的列表结构中。

作者:Henrik Bengtsson [aut]， James Bullard [aut]， Robert Gentleman [ctb]， Kasper Daniel Hansen [aut, cre]， Jim Hester [ctb]， Martin Morgan [ctb]

维护人员:Kasper Daniel Hansen

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("affxparser")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，微阵列，OneChannel，ProprietaryPlatforms，软件
版本	1.70.0
Bioconductor自	BioC 1.7 (R-2.2)(17年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14.0)
进口
链接
建议	R.oo(> = 1.22.0),R.utils(> = 2.7.0),AffymetrixDataTestFiles
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HenrikBengtsson/affxparser
BugReports	https://github.com/HenrikBengtsson/affxparser/issues
取决于我	斜体，pdInfoBuilder
进口我	affyILM，cn.farms，crossmeta，EventPointer，GCSscore，GeneRegionScan，斜体，益生元
建议我	锡
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	affxparser_1.70.0.tar.gz
Windows二进制	affxparser_1.70.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	affxparser_1.70.0.tgz
macOS二进制(arm64)	affxparser_1.69.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affxparser
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ affxparser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/affxparser/
包下载报告	下载数据