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TVTB
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB
TVTB: VCF工具箱
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包提供了S4类和方法来过滤、总结和可视化存储在VCF文件中的遗传变异数据。特别地，这个包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义适用于VCF对象的各种槽的过滤规则的新闻类。功能被集成在一个闪亮的web应用程序中，闪亮的变种浏览器(tSVE)。
作者:Kevin Rue-Albrecht [aut, cre]
维护者:Kevin Rue-Albrecht
引文(从R内，输入引用(“TVTB”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“TVTB”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | TVTB简介 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 闪亮的变种探险者 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | VCF滤波规则 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐，报道，DNASeq，DataImport，DataRepresentation，GUI，GeneticVariability，遗传学，GenomicVariation，MultipleComparison，SequenceMatching，测序，软件，VariantAnnotation，可视化，WholeGenome |
| 版本 | 1.24.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(>= 3.4)，方法，utils, stats |
| 进口 | AnnotationFilter，BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel，Biostrings，ensembldb，ensemblVEP，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GGally，ggplot2，Gviz，limma，IRanges(> = 2.21.6),reshape2，Rsamtools，S4Vectors(> = 0.25.14),SummarizedExperiment，VariantAnnotation(> = 1.19.9) |
| 链接 | |
| 建议 | EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer，BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown，testthat，covr，老鸨 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/kevinrue/TVTB |
| BugReports | https://github.com/kevinrue/TVTB/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | TVTB_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制文件(x86_64) | TVTB_1.24.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | TVTB_1.24.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TVTB |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TVTB/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TVTB/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
