TREG

DOI:10.18129 / B9.bioc.TREG

在单核RNA-seq数据中寻找总RNA表达基因的工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

RNA丰度和细胞大小参数可以改进RNA-seq反褶积算法，在不同细胞类型转录活性水平下更准确地估计细胞类型比例。总RNA表达基因(TREG)可用于单分子荧光原位杂交(smFISH)检测总RNA含量。我们开发了一种数据驱动的方法，使用表达不变性的测量方法，在死后人脑单核RNA-seq中寻找候选treg。这个R包实现了从snRNA-seq数据中识别候选treg的方法。

作者:Louise Huuki-Myers [aut, cre]，李奥纳多·科拉多-托雷斯[ctb]

维护者:Louise Huuki-Myers

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TREG”)

超文本标记语言	R脚本	如何找到总RNA表达基因(treg)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2)，SummarizedExperiment
进口	矩阵，purrr，rafalib
链接
建议	BiocFileCache，BiocStyle，dplyr，ggplot2，knitr，pheatmap，sessioninfo，RefManageR，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),宠物猫，tidyr，SingleCellExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/TREGhttp://research.libd.org/TREG/
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/TREG
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TREG_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	TREG_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TREG_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TREG_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TREG
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TREG
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TREG/
软件包下载报告	下载数据