TEKRABber

DOI:10.18129 / B9.bioc.TEKRABber

一个R包估计了两个物种之间的正交关系和转座元素的相关性

Bioconductor版本:发行版(3.16)

TEKRABber提供了一个用户友好的管道，用于比较两个物种之间的正交和转座元素(TEs)。它考虑了来自BioMart的两个物种之间的orthology confidence来规范化表达计数，并检测差异表达的orthology /TEs。然后，它提供了一个对一个的相关分析所需的矫形和TEs。还有一个应用程序功能，可以对结果有一个初步的了解。用户可以根据自己的喜好准备orthologs/TEs RNA-seq表达数据，按照小插图中提到的数据结构运行TEKRABber。

作者:陈耀中[au, cre]，卡佳·诺维克[au]

维护者:陈耀中<耀中。陈在fu-berlin.de >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TEKRABber")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TEKRABber”)

超文本标记语言	R脚本	TEKRABber
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，归一化，软件，转录
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.1)
进口	apeglm，biomaRt，DESeq2，Rcpp(> = 1.0.7),SCBN，SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，ggpubr，rmarkdown，闪亮的，knitr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ferygood/TEKRABber
BugReports	https://github.com/ferygood/TEKRABber/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TEKRABber_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	TEKRABber_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TEKRABber_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TEKRABber_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TEKRABber
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TEKRABber
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TEKRABber/
包下载报告	下载数据