SplicingFactory

DOI:10.18129 / B9.bioc.SplicingFactory

转录组数据的拼接多样性分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

SplicingFactory R包使用转录水平的表达值来分析基于各种统计措施的拼接多样性，如香农熵或基尼指数。这些方法可以量化样本内或条件之间的转录本亚型多样性。此外，该程序包分析亚型多样性数据，寻找条件之间的显著变化。

作者:Peter A. Szikora [aut]， Tamas Por [aut]， Endre Sebestyen [aut, cre]

维护者:Endre Sebestyen < Endre。塞巴斯蒂安在gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SplicingFactory")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SplicingFactory”)

超文本标记语言	R脚本	SplicingFactory
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialSplicing，RNASeq，软件，TranscriptomeVariant，转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	SummarizedExperiment、方法、统计数据
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，ggplot2，tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/esebesty/SplicingFactory
BugReports	https://github.com/esebesty/SplicingFactory/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SplicingFactory_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SplicingFactory_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	SplicingFactory_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SplicingFactory_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SplicingFactory
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SplicingFactory
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingFactory/
包下载报告	下载数据