SpatialDecon

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialDecon

从空间和/或大块基因表达数据的混合细胞反褶积

Bioconductor版本:发行版(3.16)

利用空间或批量基因表达数据，估计在每次观察中混合细胞类型的丰度。基于“混合细胞反褶积的进展使空间转录组数据中的细胞类型量化成为可能”，Danaher(2022)。设计用于NanoString GeoMx平台，但适用于任何基因表达数据。

作者:Maddy Griswold [cre, aut]， Patrick Danaher [aut]

维护者:Maddy Griswold

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SpatialDecon")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SpatialDecon”)

超文本标记语言	R脚本	使用GeomxTools在一个大型的GeoMx数据集中使用SpatialDecon
超文本标记语言	R脚本	在一个小的GeoMx数据集中使用SpatialDecon
超文本标记语言	R脚本	在空间转录组数据集中使用SpatialDecon
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneExpression，ImmunoOncology，软件，空间，转录组
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	grDevices, stats, utils, graphics，SeuratObject，Biobase，GeomxTools，repmis、方法、矩阵，logNormReg(> = 0.4)
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，qpdf
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Nanostring-Biostats/SpatialDecon/issues
取决于我
进口我
建议我	GeomxTools
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SpatialDecon_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialDecon_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SpatialDecon_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SpatialDecon_1.7.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialDecon
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialDecon
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialDecon/
包下载报告	下载数据