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SeqSQC
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC
用于样本质量检查的生物导体包与下一代测序数据
Bioconductor版本:发行版(3.16)
SeqSQC旨在识别NGS数据中的问题样本，包括性别不匹配、污染、隐相关性和总体异常值的样本。
作者:刘谦[aut, cre]
维护者:Qian Liu
引文(从R内，输入引用(“SeqSQC”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“SeqSQC”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 用SeqSQC进行下一代测序数据的样本质量检查 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 实验数据，基因组，Homo_sapiens_Data，Project1000genomes，测序数据，软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.4)，ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2) |
| 进口 | e1071，GenomicRanges，gdsfmt，ggplot2，GGally，IRanges、方法、rbokeh，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，S4Vectors，统计，效用 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/Liubuntu/SeqSQC |
| BugReports | https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SeqSQC_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SeqSQC_1.20.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | SeqSQC_1.20.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | SeqSQC_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqSQC |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SeqSQC/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqSQC/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
