STdeconvolve

DOI:10.18129 / B9.bioc.STdeconvolve

多细胞空间分辨转录组数据的无参考细胞型反褶积

Bioconductor版本:发行版(3.16)

STdeconvolve是一种无监督、无参考的方法，用于从空间转录组学(ST)数据集中推断多细胞空间分辨像素内的潜在细胞类型比例和转录谱。STdeconvolve建立在潜在狄利克雷分配(LDA)的基础上，LDA是一种生成统计模型，通常用于自然语言处理，用于发现文档集合中的潜在主题。在自然语言处理上下文中，给定文档中的单词计数矩阵，LDA会推断每个主题的单词分布以及每个文档中的主题分布。在ST数据的背景下，给定多细胞ST像素中的基因表达计数矩阵，STdeconvolve应用LDA来推断每种细胞类型的假定转录谱以及每种细胞类型在每个多细胞ST像素中的比例表示。

作者:Brendan Miller [aut, cre]，范简[au]

维护者:Brendan Miller

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“STdeconvolve”)

超文本标记语言	R脚本	STdeconvolve装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,GeneExpression,RNASeq,软件,空间,转录组,可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	topicmodels,BiocParallel,矩阵、方法、mgcv,ggplot2,scatterpie,冬青,大满贯统计数据,线索,狮虎,reshape2，图形，grDevices, utils
链接
建议	knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat,rcmdcheck,gplots,gridExtra,哈希,dplyr、并行
SystemRequirements
增强了
URL	https://jef.works/STdeconvolve/
BugReports	https://github.com/JEFworks-Lab/STdeconvolve/issues
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包档案

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源包	STdeconvolve_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	STdeconvolve_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	STdeconvolve_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	STdeconvolve_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STdeconvolve
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/STdeconvolve
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STdeconvolve/
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