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DOI:10.18129 / B9.bioc.SPOTlight

“聚光灯”:空间转录组学反褶积

Bioconductor版本:发行版(3.16)

“SPOTlight”提供了一种利用种子NMF方法以及可视化工具来评估结果的方法来解卷积空间转录组学斑点。空间解析的基因表达谱是理解组织组织和功能的关键。然而，新的空间转录组(ST)分析技术缺乏单细胞分辨率，需要结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)信息来解卷积空间索引数据集。利用这两种数据类型的优势，我们开发了SPOTlight，这是一种计算工具，可以将ST与scRNA-seq数据集成，从而推断复杂组织中细胞类型的位置和状态。SPOTlight以种子非负矩阵分解(NMF)回归为中心，使用细胞类型标记基因和非负最小二乘(NNLS)初始化，随后解卷积ST捕获位置(点)。

作者:Marc Elosua-Bayes [aut, cre]， Helena L. Crowell [aut]

维护者:Marc elosua - bayes

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SPOTlight")

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文档

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细节

biocViews	SingleCell，软件，空间，StatisticalMethod
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	ggplot2，NMF，矩阵，matrixStats，nnls，SingleCellExperiment,统计数据
链接
建议	BiocStyle，色盲，ExperimentHub，DelayedArray，ggcorrplot、网格igraph，jpeg，knitr、方法、png，rmarkdown，嘘，scatterpie，食物，修拉，SeuratObject，SpatialExperiment，SummarizedExperiment，S4Vectors，TabulaMurisSenisData，TENxVisiumData，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MarcElosua/SPOTlight
BugReports	https://github.com/MarcElosua/SPOTlight/issues
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包档案

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源包	SPOTlight_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	SPOTlight_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SPOTlight_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SPOTlight_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPOTlight
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/焦点
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SPOTlight/
包下载报告	下载数据