ReactomeGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomeGSA

用于比较多组学基因集分析的反应组分析服务的客户端

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ReactomeGSA包使用Reactome的在线分析服务来执行多组学基因集分析。这个包的主要优点是，可以使用REACTOME强大的web应用程序可视化检索结果。由于Reactome的分析服务也使用R来执行实际的基因集分析，当在本地使用相同的包(如limma和edgeR)时，您将得到类似的结果。因此，如果你只需要一个基因集分析，不同的软件包更适合。

作者:Johannes Griss [aut, cre]

维护者:Johannes Griss < Johannes。Griss在meduniwien.ac.at>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ReactomeGSA”)

超文本标记语言	R脚本	分析单细胞RNAseq数据
超文本标记语言	R脚本	使用ReactomeGSA包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，蛋白质组学，Reactome，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	jsonlite，httr，进步，ggplot2、方法、gplots，RColorBrewer，dplyr，tidyr
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，ReactomeGSA.data，Biobase，devtools
SystemRequirements
增强了	limma，刨边机，修拉(> = 3.0),嘘
URL	https://github.com/reactome/ReactomeGSA
BugReports	https://github.com/reactome/ReactomeGSA/issues
全靠我	ReactomeGSA.data
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ReactomeGSA_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	ReactomeGSA_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ReactomeGSA_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ReactomeGSA_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReactomeGSA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomeGSA/
软件包下载报告	下载数据