Rbwa

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rbwa

用于bwa -回溯和BWA-MEM对齐器的R包装器

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为BWA对齐算法提供R包装器。BWA-backtrack和BWA-MEM都可用。还提供了从参考基因组构建BWA索引的方便函数。目前不支持Windows机器。

作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre]

维护:Jean-Philippe Fortin

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Rbwa")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Rbwa”)

超文本标记语言	R脚本	介绍Rbwa
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/Jfortin1/Rbwa
BugReports	https://github.com/Jfortin1/Rbwa/issues
全靠我
进口我	crisprBwa
建议我	crisprDesign
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Rbwa_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	Rbwa_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Rbwa
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rbwa . bat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rbwa/
软件包下载报告	下载数据