Rbowtie2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rbowtie2

一个R包装的蝴蝶结和适配器删除

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包提供了流行的bowtie2测序读取对齐器和AdapterRemoval的R包装器，这是一种用于快速调整适配器、识别和读取合并的方便工具。该包包含包装函数，允许基因组索引和对准这些索引。这个包还允许通过Rsamtools创建.bam文件。

作者:郑伟[aut, cre]，张伟[aut]

维护者:郑伟< wzwezheng at qq.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rbowtie2”)

超文本标记语言	R脚本	rbowti2简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，预处理，测序，软件
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	magrittr，Rsamtools
链接
建议	knitr，testthat(> = 3.0.0),rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11, GNU make, samtools
增强了
URL
全靠我
进口我	CircSeqAlignTk，esATAC，UMI4Cats
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rbowtie2_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	Rbowtie2_2.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	Rbowtie2_2.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rbowtie2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rbowtie2/
软件包下载报告	下载数据