RCy3

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3

细胞景观的访问和控制功能

Bioconductor版本:发行版(3.16)

您可以使用Cytoscape的图形用户界面来实现对网络的可视化、分析和探索，现在您可以通过一个RCy3函数来实现。

作者:Alex Pico [aut, cre]， Tanja Muetze [aut]， Paul Shannon [aut]， Ruth Isserlin [ctb]， Shraddha Pai [ctb]， Julia Gustavsen [ctb]， Georgi Kolishovski [ctb]， xinyihang [ctb]

维护者:Alex Pico < Alex。pico gladstone.ucsf.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RCy3")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RCy3”)

超文本标记语言	R脚本	01.RCy3概述~25分钟
超文本标记语言	R脚本	02.细胞图和图解~5分钟
超文本标记语言	R脚本	03.胞景和石墨烯~5分钟
超文本标记语言	R脚本	04.导入数据~5分钟
超文本标记语言	R脚本	05.网络功能和可视化~15分钟
超文本标记语言	R脚本	06.癌症网络和数据~40分钟
超文本标记语言	R脚本	07.标识符映射~20分钟
超文本标记语言	R脚本	08.升级现有脚本~15分钟
超文本标记语言	R脚本	09.胞景和NDEx ~20 min
超文本标记语言	R脚本	10.分组节点~15分钟
超文本标记语言	R脚本	11.自定义图形和标签~10分钟
超文本标记语言	R脚本	12.过滤网络~10分钟
超文本标记语言	R脚本	13.系统发育树~3分钟
超文本标记语言	R脚本	14.Jupyter Bridge和RCy3 ~10分钟
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork，网络，软件，ThirdPartyClient，可视化
版本	2.18.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(7年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	httr、方法、RJSONIO，XML跑龙套,BiocGenerics统计数据,图，fs，uuid，uchardet，胶水，RCurl，base64url，base64enc，IRkernel，IRdisplay，RColorBrewer，gplots
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，igraph, grDevices
SystemRequirements	Cytoscape (>= 3.7.1)， CyREST (>= 3.8.0)
增强了
URL	https://github.com/cytoscape/RCy3
BugReports	https://github.com/cytoscape/RCy3/issues
取决于我
进口我	categoryCompare，CeTF，fedup，比喻，MOGAMUN，NCIgraph，netZooR，regutools，TimiRGeN，transomics2cytoscape
建议我	石墨，netDx，rScudo
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RCy3_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	RCy3_2.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RCy3_2.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RCy3_2.17.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RCy3
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/
包下载报告	下载数据