NxtIRFcore

DOI:10.18129 / B9.bioc.NxtIRFcore

NxtIRF的核心引擎:使用IRFinder引擎的用户友好的内含子保留和可选剪接分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

交互式分析RNA-seq数据中的内含子保留和替代剪接事件(ASE)。NxtIRF量化BAM文件中的ASE事件，使用拼接感知校准器(如STAR)对准基因组。核心量化算法依赖于IRFinder/ c++引擎通过Rcpp进行多平台兼容。此外，NxtIRF为下游分析和准备发布的可视化工具提供了方便的管道。注意，在Bioconductor 3.16版本中，NxtIRFcore现在已经被SpliceWiz所取代。

作者:Alex Chit Hei Wong [aut, cre, cph]， William Ritchie [cph]， Ulf Schmitz [ctb]

维护者:Alex Chit Hei Wong

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NxtIRFcore”)

超文本标记语言	R脚本	差异可选剪接和内含子保留分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，报道，DifferentialSplicing，RNASeq，软件，转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)，NxtIRFdata
进口	方法，统计，utils，工具，并行，magrittr，Rcpp(> = 1.0.5),data.table，置，ggplot2，AnnotationHub，BiocFileCache，BiocGenerics，BiocParallel，Biostrings，BSgenome，DelayedArray，DelayedMatrixStats，genefilter，GenomeInfoDb，GenomicRanges，HDF5Array，IRanges，情节，R.utils，rhdf5，rtracklayer，SummarizedExperiment，S4Vectors
链接	Rcpp，zlibbioc，RcppProgress
建议	knitr，rmarkdown，pheatmap，闪亮的，openssl，蜡笔，蛋，DESeq2，limma，DoubleExpSeq，Rsubread，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/alexchwong/NxtIRFcore
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NxtIRFcore_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	NxtIRFcore_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	NxtIRFcore_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	NxtIRFcore_1.3.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NxtIRFcore
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NxtIRFcore
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NxtIRFcore/
软件包下载报告	下载数据