NanoMethViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoMethViz

从牛津纳米孔测序可视化甲基化数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

NanoMethViz是一个用于可视化牛津纳米孔测序甲基化数据的工具包。它可以用来探索来自牛津纳米孔直接DNA测序的甲基化模式，包括nanopolish, f5c和巨齿鲨。这个包中的图允许在实验组和基因组特征类别中聚合甲基化剖面的可视化。

作者:Shian Su [cre, aut]

维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NanoMethViz”)

超文本标记语言	R脚本	降维
超文本标记语言	R脚本	外显子的注释
超文本标记语言	R脚本	导入/导出数据
超文本标记语言	R脚本	简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialMethylation，软件，可视化
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	Apache License (>= 2.0)
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，ggplot2
进口	cpp11(> = 0.2.5),readr，S4Vectors，SummarizedExperiment，BiocSingular，bsseq，forcats，为了，AnnotationDbi，Rcpp，dplyr，data.table，e1071，fs，GenomicRanges，ggrastr，胶水、图形、limma(> = 3.44.0),拼接而成，purrr，rlang，R.utils，RSQLite，Rsamtools，尺度(> = 1.2.0),scico统计数据,stringr，宠物猫，tidyr跑龙套,withr，zlibbioc
链接	Rcpp
建议	DSS，Mus.musculus(> = 1.3.1),Homo.sapiens(> = 1.3.1),org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，knitr，rmarkdown，rtracklayer，testthat(> = 3.0.0),covr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/shians/NanoMethViz
BugReports	https://github.com/Shians/NanoMethViz/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NanoMethViz_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	NanoMethViz_2.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	NanoMethViz_2.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	NanoMethViz_2.3.16.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoMethViz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NanoMethViz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NanoMethViz/
软件包下载报告	下载数据