MicrobiotaProcess

DOI:10.18129 / B9.bioc.MicrobiotaProcess

一个全面的R包管理和分析微生物组和其他生态数据在整洁的框架内

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MicrobiotaProcess是一个R包，用于微生物数据集的分析、可视化和生物标志物发现。它引入了MPSE类，这使得它与现有的计算生态系统更具互操作性。介绍了一种简洁的微生物组数据结构范式和分析语法。它在统一通用的框架(整洁的框架)下提供了多种多样的微生物组数据分析程序。

作者:徐双斌[aut, cre]，余光创[aut, ctb]

维护人员:徐双斌< x双斌at 163.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MicrobiotaProcess")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“MicrobiotaProcess”)

超文本标记语言	R脚本	介绍MicrobiotaProcess
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文本		新闻

细节

biocViews	FeatureExtraction，微生物组，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3.0)
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	猿，tidyr，ggplot2，magrittr，dplyr，Biostrings，ggrepel，素食主义者，动物园，ggtree，tidytree(> = 0.3.9),质量、方法、rlang，宠物猫， grDevices, stats, utils，硬币，ggsignif，拼接而成，ggstar，tidyselect，SummarizedExperiment，foreach，treeio(> = 1.17.2),支柱，plyr，dtplyr，ggtreeExtra，data.table
链接
建议	rmarkdown，prettydoc，testthat，knitr，nlme，phangorn，解读，randomForest，jsonlite，biomformat，尺度，yaml，withr，S4Vectors，purrr，seqmagick，胶水，corrr，ggupset，ggVennDiagram，gghalves，ggalluvial(> = 0.11.1),forcats，cli，phyloseq，aplot，ggnewscale，ggside，ggh4x，hopach平行,DirichletMultinomial
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MicrobiotaProcess_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	MicrobiotaProcess_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MicrobiotaProcess_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiotaProcess
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MicrobiotaProcess
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MicrobiotaProcess/
包下载报告	下载数据