MetaboAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetaboAnnotation

代谢组学数据注释的实用程序

Bioconductor版本:发行版(3.16)

辅助注释(代谢组学)数据集的高级功能。这些函数包括基于质量匹配执行简单的暂定注释的函数，也包括考虑LC-MS特征注释的m/z和保留时间的函数，前提是各自的参考值都是可用的。此外，该功能还提供了简化LC-MS/MS光谱与谱库和对象匹配的高级函数，以及表示和管理匹配数据的功能。

作者:Michael Witting [aut]，约翰内斯·雷纳[aut, cre]，安德烈·维奇尼[au]，卡罗琳·胡贝尔[au]， Nir shachhaf [ctb]

维护者:Johannes Rainer

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MetaboAnnotation”)

超文本标记语言	R脚本	基于ms的代谢组学数据注释
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	BiocGenerics，MsCoreUtils，MetaboCoreUtils，ProtGenerics、方法、S4Vectors，光谱(> = 1.7.2),BiocParallel，SummarizedExperiment，QFeatures、图形、CompoundDb
链接
建议	testthat，knitr，msdata，BiocStyle，rmarkdown，情节，闪亮的，shinyjs，DT，AnnotationHub
SystemRequirements
增强了	RMariaDB，RSQLite
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/MetaboAnnotation
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/MetaboAnnotation/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MetaboAnnotation_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	MetaboAnnotation_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MetaboAnnotation_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MetaboAnnotation_1.1.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboAnnotation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetaboAnnotation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetaboAnnotation/
软件包下载报告	下载数据