MSA2dist

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSA2dist

MSA2dist使用自定义评分矩阵计算DNAStringSet或AAStringSet所有序列之间的成对距离，并进行基于密码子的分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MSA2dist使用自定义评分矩阵计算DNAStringSet或AAStringSet所有序列之间的成对距离，并进行基于密码子的分析。它使用评分矩阵用于这些成对距离计算，可以适应于任何评分的DNA或AA字符。例如，通过使用文字距离MSA2dist计算成对的IUPAC距离。

作者:Kristian K Ullrich [aut, cre]

维护者:Kristian K Ullrich < Ullrich at evolbio.mpg.de>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSA2dist")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“MSA2dist”)

超文本标记语言	R脚本	MSA2dist装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，去，遗传学，测序，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	Rcpp，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，猿，doParallel，dplyr，foreach、方法、并行rlang，seqinr，stringr，宠物猫，tidyr统计数据,stringi
链接	Rcpp，RcppThread
建议	rmarkdown，knitr，devtools，testthat，ggplot2，BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://gitlab.gwdg.de/mpievolbio-it/MSA2disthttps://mpievolbio-it.pages.gwdg.de/MSA2dist/
BugReports	https://gitlab.gwdg.de/mpievolbio-it/MSA2dist/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MSA2dist_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	MSA2dist_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MSA2dist_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MSA2dist_1.1.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSA2dist
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSA2dist
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSA2dist/
包下载报告	下载数据