MQmetrics

DOI:10.18129 / B9.bioc.MQmetrics

动力学数据的质量控制

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MQmetrics包(MaxQuant metrics)提供了一个工作流，用于分析来自MaxQuant的蛋白质组质谱分析的质量和可重复性。输入数据从几个MaxQuant输出表中提取，并生成一个pdf报告。它包括几个可视化工具，用于检查与作业质量有关的众多参数。它还包括两个功能，用于可视化来自Biognosys的iRT肽，以防它们在样本中被添加。

作者:Alvaro Sanchez-Villalba [aut, cre]， Thomas Stehrer [aut]， Marek Vrbacky [aut]

维护者:Alvaro Sanchez-Villalba

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MQmetrics")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MQmetrics”)

超文本标记语言	R脚本	MQmetrics
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	ggplot2，readr，magrittr，dplyr，purrr，reshape2，gridExtra跑龙套,stringr，ggpubr统计数据,cowplot，RColorBrewer，tidyr，尺度、网格rlang，ggforcegrDevices,gtable，plyr，knitr，rmarkdown，ggrepel，gghalves、工具
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MQmetrics_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	MQmetrics_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MQmetrics_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MQmetrics_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MQmetrics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MQmetrics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MQmetrics/
包下载报告	下载数据