LinTInd

DOI:10.18129 / B9.bioc.LinTInd

通过索引追踪沿袭

Bioconductor版本:发行版(3.16)

当我们结合基因编辑技术和测序技术时，我们需要从生成的等位基因中重建一个谱系树，并计算每对组之间的相似性。FindIndel()和IndelForm()函数将帮助您对齐每个读取到引用序列，并分别生成疤痕表单字符串。IndelIdents()函数将帮助您为每个单元格或读取定义疤痕形式。IndelPlot()函数将帮助您可视化删除和插入的分布。TagProcess()函数将帮助您为每个单元格提取索引或读取。TagDist()函数将帮助您计算每对组之间的相似性，它们包含的每个驻留。BuildTree()函数将帮助您重构树。PlotTree()函数将帮助您可视化树。

作者:王鲁月[aut, cre]，向斌[ctb]，刘恒鑫[ctb]，吴伟[ths]

维护人员:Luyue Wang

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("LinTInd")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“LinTInd”)

超文本标记语言	R脚本	LinTInd——教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，CRISPR，SingleCell，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),ggplot2、并行数据,S4Vectors
进口	data.tree，reshape2，networkD3，stringdist，purrr，猿，cowplot，ggnewscale，stringr，dplyr，rlist，pheatmap，Biostrings，IRanges，BiocGenerics(> = 0.36.1),ggtree
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	LinTInd_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	LinTInd_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	LinTInd_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	LinTInd_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LinTInd
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ LinTInd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LinTInd/
包下载报告	下载数据