花边

DOI:10.18129 / B9.bioc.LACE

癌症演变的纵向分析(LACE)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

LACE是一种算法框架，它处理来自不同时间点和不同实验环境下收集的癌症样本的单细胞体细胞突变概况，以生成癌症进化的纵向模型。该方法通过最大化在多个时间点上计算的加权似然函数，解决了具有系统发育约束的布尔矩阵分解问题。

作者:Daniele Ramazzotti [aut]， Fabrizio Angaroni [aut]， Davide Maspero [cre, aut]， Alex Graudenzi [aut]， Luca De Sano [aut]， Gianluca Ascolani [au]

维护者:Davide Maspero

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("LACE")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“花边”)

PDF	R脚本	花边
PDF	R脚本	花边2.0
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，SingleCell，软件，SomaticMutation
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	旋度，igraph，foreach，doParallel，可分类的，dplyr，data.tree图形，grDevices，并行，RColorBrewer，Rfast统计数据,SummarizedExperiment跑龙套,purrr，stringi，stringr，矩阵，tidyr，jsonlite，readr，configr，DT、工具、fs，data.table，htmltools，htmlwidgets，bsplus，shinyvalidate，闪亮的，shinythemes，shinyFiles，shinyjs，shinyBS，shinydashboard，biomaRt，callr，logr
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	LACE_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	LACE_2.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	LACE_2.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	LACE_2.1.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LACE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/花边
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LACE/
包下载报告	下载数据