哈曼

DOI:10.18129 / B9.bioc.Harman

使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批处理效应

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Harman是一种基于PCA和约束优化的技术，它最大限度地从数据集中去除批处理效应，约束是过度校正的概率(即去除真正的生物信号和批处理噪声)保持在由最终用户设置的部分。

作者:Yalchin Oytam [aut]， Josh Bowden [aut]， Jason Ross [aut, cre]

维护者:Jason Ross < Jason。罗斯在csiro.au >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Harman")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

哈曼browseVignettes(“”)

超文本标记语言	R脚本	IntroductionToHarman
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DNAMethylation，微阵列，MultipleComparison，归一化，预处理，PrincipalComponent，软件，StatisticalMethod，转录
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	Rcpp(>= 0.11.2)，图形，统计，Ckmeans.1d.dp、并行、方法matrixStats
链接	Rcpp
建议	HarmanData，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，rmarkdown，RUnit，RColorBrewer，bladderbatch，limma，minfi，光民，msmsEDA，affydata，minfiData，股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.csiro.au/harman/
取决于我
进口我	debrowser
建议我	HarmanData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Harman_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	Harman_1.26.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	Harman_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Harman_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Harman
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/哈曼
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Harman/
包下载报告	下载数据