HIBAG

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIBAG

HLA基因型归责与属性套袋

Bioconductor版本:发行版(3.16)

利用GWAS SNP数据输入HLA经典等位基因，并依赖于HLA和SNP基因型的训练集。HIBAG可以被已经发布的参数估计的研究人员使用，而不需要访问大型训练样本数据集。它结合了属性套袋(一种集成分类器方法)的概念和单倍型推断的snp和HLA类型。属性套袋是一种利用自举聚合和随机变量选择提高分类器集成精度和稳定性的技术。

作者:郑秀文[aut, cre, cph]，布鲁斯·韦尔[ctb, thr]

维护人员:郑秀文

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HIBAG")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	HIBAG装饰图案的html
超文本标记语言	R脚本	HLA关联小插图html
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细节

biocViews	遗传学，软件，StatisticalMethod
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	方法,RcppParallel
链接	RcppParallel(> = 5.0.0)
建议	平行,ggplot2，reshape2，gdsfmt，SNPRelate，SeqArray，knitr，减价，rmarkdown
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/zhengxwen/HIBAGhttps://hibag.s3.amazonaws.com/index.html
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	HIBAG_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	HIBAG_1.34.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HIBAG_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HIBAG_1.33.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIBAG
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HIBAG
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HIBAG/
包下载报告	下载数据