GeomxTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeomxTools

NanoString GeoMx工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于纳米串技术的工具。Package提供了基于ExpressionSet派生对象读取DCC和PKC文件的函数。还包括归一化和QC函数。

作者:Nicole Ortogero [cre, aut]， Zhi Yang [aut]， Ronalyn Vitancol [aut]， Maddy Griswold [aut]， David Henderson [aut]

维护者:Nicole Ortogero

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GeomxTools")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GeomxTools”)

超文本标记语言	R脚本	GeoMxSet到Seurat和SpatialExperiment对象的强制转换
超文本标记语言	R脚本	NanoStringGeoMxSet的开发人员介绍
超文本标记语言	R脚本	蛋白质数据使用GeomxTools
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，DataImport，ExperimentalDesign，GeneExpression，归一化，ProprietaryPlatforms，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，空间，转录，转录组，mRNAMicroarray
版本	3.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (>= 3.6)，Biobase，NanoStringNCTools，S4Vectors
进口	BiocGenerics，rjson，readxl，EnvStats，reshape2，方法，utils，统计，data.table，lmerTest，dplyr，stringr， grDevices，图形，GGally，rlang，ggplot2，SeuratObject
链接
建议	rmarkdown，knitr，testthat(>= 3.0.0)，平行，ggiraph，修拉，SpatialExperiment(> = 1.4.0),SpatialDecon，拼接而成
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	GeoMxWorkflows
进口我	GeoDiff，SpatialDecon
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GeomxTools_3.2.0.tar.gz
Windows二进制	GeomxTools_3.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GeomxTools_3.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GeomxTools_3.1.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GeomxTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeomxTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeomxTools/
软件包下载报告	下载数据