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GeoDiff
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GeoDiff
基于计数模型的GeoMx RNA数据差异表达和归一化
Bioconductor版本:发行版(3.16)
使用计数生成分布对GeoMx RNA数据进行背景建模、特征和样本QC、归一化和差异表达分析的一系列统计模型。通过实例数据分析说明了这些方法的应用。
作者:Nicole Ortogero [cre]，杨磊[aut]，杨志[aut]
维护者:Nicole Ortogero
引用(从R中，输入引用(“GeoDiff”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GeoDiff")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“GeoDiff”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | Workflow_WTA |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，GeneExpression，归一化，软件 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.14 (R-4.1)(1年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0)，Biobase |
| 进口 | 矩阵，健壮的，plyr，lme4，Rcpp(> = 1.0.4.6),withr，方法，图形，统计，testthat，GeomxTools，NanoStringNCTools |
| 链接 | Rcpp，RcppArmadillo，roptim |
| 建议 | knitr，rmarkdown，dplyr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/Nanostring-Biostats/GeoDiff |
| BugReports | https://github.com/Nanostring-Biostats/GeoDiff |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | GeoDiff_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GeoDiff_1.4.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | GeoDiff_1.4.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GeoDiff_1.3.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/GeoDiff |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeoDiff |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GeoDiff/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
