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GenomicInteractionNodes
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractionNodes
R/Bioconductor包用于从HiC/HiChIP/HiCAR数据中检测相互作用节点
Bioconductor版本:发行版(3.16)
GenomicInteractionNodes包可以从bedpe文件导入交互，并定义交互节点，即具有多个交互循环的基因组交互位点。相互作用节点是调控一个或多个基因的结合平台。检测到的交互节点将被注释以进行下游验证。
作者:欧建宏[aut, cre]，刁雅睿[fnd]
维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>
引文(从R内，输入引用(“GenomicInteractionNodes”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomicInteractionNodes”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | GenomicInteractionNodes装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 嗝，测序，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.2.0)， stats |
| 进口 | AnnotationDbi，图，GO.db，GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomeInfoDb、方法、IRanges，RBGL，S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，rtracklayer，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/jianhong/GenomicInteractionNodes |
| BugReports | https://github.com/jianhong/GenomicInteractionNodes/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GenomicInteractionNodes_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GenomicInteractionNodes_1.2.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | GenomicInteractionNodes_1.2.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GenomicInteractionNodes_1.1.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractionNodes |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicInteractionNodes |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractionNodes/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
