GeneTonic

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneTonic

喜欢分析和整合差异表达分析和功能富集分析的结果

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包提供了一个Shiny应用程序，它的目的是在不同的层次上组合现有的转录组数据和结果，以一种更容易产生深刻的观察和假设的方式——结合互动性和可重复性的好处，例如通过捕获在实时会话中突出显示的特征和感兴趣的基因集，并创建一个HTML报告作为文本、代码和输出共存的工件。

作者:费德里科·马里尼[aut, cre]， Annekathrin Ludt [au]

维护者:Federico Marini

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GeneTonic")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GeneTonic”)

超文本标记语言	R脚本	基因用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DifferentialExpression，去，GUI，GeneExpression，GeneSetEnrichment，通路，ReportWriting，软件，转录，转录组，可视化
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	AnnotationDbi，骨干，bs4Dash(> = 2.0.0),circlize，色彩，colourpicker，ComplexHeatmap，ComplexUpset，dendextend，DESeq2，dplyr，DT，dynamicTreeCut，expm，ggforce，ggplot2，ggrepel，GO.db、图形、grDevices、网格、igraph，matrixStats、方法、情节，RColorBrewer，rintrojs，rlang，rmarkdown，S4Vectors，尺度，闪亮的，shinyAce，shinycssloaders，shinyWidgets统计数据,SummarizedExperiment，tidyr，不安定的、工具、跑龙套冬青，visNetwork
链接
建议	knitr，BiocStyle，htmltools，clusterProfiler，巨噬细胞，org.Hs.eg.db，magrittr，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/GeneTonic
BugReports	https://github.com/federicomarini/GeneTonic/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GeneTonic_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	GeneTonic_2.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	GeneTonic_2.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GeneTonic_2.1.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneTonic
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneTonic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneTonic/
包下载报告	下载数据