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GeneNetworkBuilder
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder
GeneNetworkBuilder:使用ChIP-chip/ChIP-seq数据和基因表达数据构建调控网络的生物导体包
Bioconductor版本:发行版(3.16)
应用ChIP-chip或ChIP-seq，以及microarray或RNA-seq基因表达数据发现转录因子的直接或间接靶点。从ChIP-chip或ChIP-seq中输入一个TF的潜在靶点基因列表和基因表达结果，GeneNetworkBuilder生成该TF的调控网络。
作者:欧建宏，刘海波，Heidi A Tissenbaum, Julie Zhu
维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>
引文(从R内，输入引用(“GeneNetworkBuilder”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GeneNetworkBuilder”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | GeneNetworkBuilder装饰图案 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 从基因列表生成网络 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 与BioGRID, STRING合作 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GraphAndNetwork，微阵列，测序，软件 |
| 版本 | 1.40.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(10年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 2.15.1)，Rcpp(> = 0.9.13) |
| 进口 | plyr，图，htmlwidgets，Rgraphviz，rjson，XML，方法，grDevices，统计，图形 |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | RUnit，BiocGenerics，RBGL，knitr，simpIntLists，闪亮的，STRINGdb，BiocStyle，魔法，rmarkdown，org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GeneNetworkBuilder_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GeneNetworkBuilder_1.40.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | GeneNetworkBuilder_1.40.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GeneNetworkBuilder_1.39.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneNetworkBuilder |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GeneNetworkBuilder/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
