GEOquery

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOquery

从NCBI基因表达综合数据库(GEO)获取数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

NCBI基因表达综合(GEO)是微阵列数据的公共存储库。考虑到这种资源的丰富和多样的性质，将BioConductor工具应用于这些数据是很自然的。GEOquery是GEO和BioConductor之间的桥梁。

作者:肖恩戴维斯[aut, cre]

维护者:Sean Davis

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GEOquery”)

超文本标记语言	R脚本	使用GEOquery
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，微阵列，OneChannel，圣人，软件，TwoChannel
版本	2.66.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (R-2.3)(16.5年)
许可证	麻省理工学院
取决于	方法,Biobase
进口	readr(> = 1.3.1),xml2，dplyr，data.table，tidyr，magrittr，limma，旋度，R.utils
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocGenerics，testthat，covr，减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seandavi/GEOqueryhttp://seandavi.github.io/GEOquery
BugReports	https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/new
取决于我	DrugVsDisease，dyebiasexamples，GEOmetadb，GSE103322，GSE13015，GSE62944，扫描。通用产品
进口我	BeadArrayUseCases，bigmelon，BioPlex，BioPlex，ChIPXpress，coexnet，conclus，crossmeta，DExMA，天哪，EpiMix，GAPGOM，GEOexplorer，GSE13015，healthyControlsPresenceChecker，MACPET，minfi，MoonlightR，phantasus，重新计票，SRAdb
建议我	气道，antiProfilesData，AUCell，自治，ctsGE，dearseq，debCAM，diffcoexp，dyebias，EpiDISH，fgsea，GCSscore，GeneExpressionSignature，GenomicOZone，methylclock，multiClust，MultiDataSet，muscData，omicsPrint，parathyroidSE，PCAtools，prostateCancerCamcap，prostateCancerGrasso，prostateCancerStockholm，prostateCancerTaylor，prostateCancerVarambally，quantiseqr，RegEnrich，RegParallel，RGSEA，Rnits，runibic，skewr，spatialHeatmap，TargetScore，zFPKM
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GEOquery_2.66.0.tar.gz
Windows二进制	GEOquery_2.66.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GEOquery_2.66.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GEOquery_2.65.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOquery
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOquery
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOquery/
包下载报告	下载数据