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GENIE3
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GENIE3
树集合的基因网络推理
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包实现了GENIE3算法，用于从表达数据推断基因调控网络。
作者:Van Anh Huynh-Thu, Sara Aibar, Pierre Geurts
维护者:Van Anh Huynh-Thu
引文(从R内，输入引用(“GENIE3”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GENIE3”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | GENIE3 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DecisionTree，GeneExpression，GraphAndNetwork，网络，NetworkInference，回归，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | |
| 进口 | 统计数据,reshape2，dplyr |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，foreach，doRNG，doParallel，Biobase，SummarizedExperiment，testthat、方法 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | BioNERO，MetNet |
| 建议我 | dnapath |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GENIE3_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GENIE3_1.20.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | GENIE3_1.20.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GENIE3_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GENIE3 |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GENIE3 |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/GENIE3/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GENIE3/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
