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EpiDISH
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DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiDISH
样本内异质性的表观遗传学解剖
Bioconductor版本:发行版(3.16)
EpiDISH是一个R包，用于推断样本中存在的先验已知细胞类型的比例，该细胞类型代表这些细胞类型的混合物。目前，该包装可用于全血、一般上皮组织和乳腺组织的DNAm数据。此外，该软件包还提供了一个功能，允许识别不同的甲基化细胞类型及其在表观基因组全关联研究中的变化方向。
作者:Andrew E. Teschendorff [aut]，石杰C.郑[aut, cre]
维护人员:Shijie C. Zheng
引用(从R中，输入引用(“EpiDISH”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("EpiDISH")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“EpiDISH”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 样本内异质性的表观遗传学解剖 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylationArray，软件 |
| 版本 | 2.14.1 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | 质量，e1071，quadprog，平行，统计，matrixStats，stringr，locfdr，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | roxygen2，GEOquery，BiocStyle，knitr，rmarkdown，Biobase，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/sjczheng/EpiDISH |
| BugReports | https://github.com/sjczheng/EpiDISH/issues |
| 全靠我 | 烤面包 |
| 进口我 | |
| 建议我 | FlowSorted.Blood.EPIC，地球 |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | EpiDISH_2.14.1.tar.gz |
| Windows二进制 | EpiDISH_2.14.1.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | EpiDISH_2.14.1.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | EpiDISH_2.14.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/EpiDISH |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EpiDISH |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/EpiDISH/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| bioc3.16的旧源包 | 源存档 |
