DEGreport

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGreport

DEG分析报告

Bioconductor版本:发行版(3.16)

创建计数数据的差异表达式分析的HTML报告。它集成了DESeq2和edgeR小插图中提到的一些代码，并根据每个选定基因的折叠变化平均值和可变性报告了一个排序的基因列表。

作者:Lorena Pantano [aut, cre]， John Hutchinson [ctb]， Victor Barrera [ctb]， Mary Piper [ctb]， Radhika Khetani [ctb]， Kenneth Daily [ctb]， Thanneer Malai Perumal [ctb]， Rory Kirchner [ctb]， Michael Steinbaugh [ctb]

维护者:Lorena Pantano < Lorena。淡水沼泽gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEGreport")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DEGreport”)

超文本标记语言	R脚本	差异表达RNA-seq的QC和下游分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化
版本	1.34.0
Bioconductor自	bio 3.0 (R-3.1)(8年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	跑龙套、方法Biobase，BiocGenerics，扫帚，circlize，ComplexHeatmap，cowplot，ConsensusClusterPlus，集群，DESeq2，dplyr，刨边机，ggplot2，ggdendro、网格ggrepelgrDevices,knitr，日志记录，magrittr，心理，RColorBrewer，重塑，rlang，尺度统计数据,stringr，S4Vectors，SummarizedExperiment，tidyr，宠物猫
链接
建议	BiocStyle，AnnotationDbi，limma，pheatmap，rmarkdown，statmod，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://lpantano.github.io/DEGreport/
BugReports	https://github.com/lpantano/DEGreport/issues
取决于我
进口我	isomiRs
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DEGreport_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	DEGreport_1.34.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DEGreport_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DEGreport_1.33.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGreport
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEGreport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEGreport/
包下载报告	下载数据