CoreGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoreGx

类和函数作为其他Gx的包的基础

Bioconductor版本:版本(3.16)

函数和类的集合作为我们实验室的基础的R的套件包,如“PharmacoGx”和“RadioGx”。这个包创建抽象功能从其他实验室共享包版本增加缓解当前和未来的可维护性和减少代码重复的Gx套件程序。主要功能包括“CoreSet”类、“RadioSet”和“PharmacoSet”的推导,以及获取和设置方法为每个各自的位置。额外的相关函数拟合和策划剂量反应曲线,定量统计相关性和计算曲线下的面积(AUC)或生存分数(SF)包括在内。更多细节请参阅包括文档,以及:斯米尔诺夫,P。、Safikhani Z。El-Hachem, N。王,D。她,。,Olsen, C., Freeman, M., Selby, H., Gendoo, D., Grossman, P., Beck, A., Aerts, H., Lupien, M., Goldenberg, A. (2015) 。Manem, V。,Labie, M., Smirnov, P., Kofia, V., Freeman, M., Koritzinksy, M., Abazeed, M., Haibe-Kains, B., Bratman, S. (2018) 。

作者:切赫斯米尔诺夫(aut),伊恩•史密斯(aut),克里斯托弗•伊尔斯(aut)飞飞李(aut),本杰明Haibe-Kains (aut (cre)

维护人员:本杰明Haibe-Kains < benjamin.haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CoreGx”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CoreGx”)

HTML	R脚本	CoreGx:抽象类和函数
HTML	R脚本	TreatmentResponseExperiment类
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,药物基因组学,软件,生存
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.1),BiocGenerics,SummarizedExperiment
进口	Biobase,S4Vectors,MultiAssayExperiment,MatrixGenerics,钢琴,BiocParallel平行,BumpyMatrix,使彻底失败、方法、统计跑龙套、图形grDevices,文理学院,data.table,蜡笔,胶水,rlang,板凳上
链接
建议	老鸨,减价,BiocStyle,rmarkdown,knitr,formatR,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	PharmacoGx,RadioGx,ToxicoGx
进口我	PDATK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CoreGx_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	CoreGx_2.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CoreGx_2.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CoreGx_2.1.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoreGx
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CoreGx
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoreGx/
包下载报告	下载数据