COTAN

DOI:10.18129 / B9.bioc.COTAN

共表达式表分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

统计和计算方法分析基因对在单细胞水平上的共表达。为单细胞基因相互作用组分析提供了基础。基本思想是研究零UMI计数的分布，而不是专注于正计数;这是用一个广义列联表框架完成的。COTAN可以有效地评估基因对的相关或反相关表达。它为相关的相关性提供了一个数值指标，并为相关的独立性检验提供了一个近似的p值。COTAN还可以评估单个基因是否存在差异表达，用新定义的全局分化指数对它们进行评分。此外，该方法提供了根据基因与其他基因的共表达模式绘制和聚类基因的方法，有效地帮助了基因相互作用的研究，成为识别细胞身份标记基因的新工具。

作者:Galfrè Silvia Giulia [aut, cre]——莫兰丁·弗朗西斯科[au]，彼得罗santo Marco [aut]，克雷米西·费德里科[aut]， Helmer-Citterich Manuela [aut]

维护者:Galfrè Silvia Giulia < Silvia。Galfre在uniroma1.it>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“COTAN”)

超文本标记语言	R脚本	指导教程
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细节

biocViews	GeneExpression，SingleCell，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr方法，grDevices，矩阵，ggplot2，ggrepel，统计，平行，宠物猫，tidyr，irlba，ComplexHeatmap，circlize、网格尺度跑龙套,rlang，Rfast
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),拼写，knitr，data.table，R.utils，tidyverse，rmarkdown，htmlwidgets，质量，factoextra，Rtsne，情节，dendextend，BiocStyle，cowplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seriph78/COTAN
BugReports	https://github.com/seriph78/COTAN/issues
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包档案

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源包	COTAN_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	COTAN_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	COTAN_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	COTAN_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COTAN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/COTAN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/COTAN/
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