指南针

DOI:10.18129 / B9.bioc.COMPASS

单细胞的组合多功能分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

COMPASS是一个统计框架，可以对抗原特异性t细胞子集进行无偏分析。COMPASS使用贝叶斯层次框架对所有观察到的细胞子集建模，并选择最有可能具有抗原特异性的细胞，同时正则化多参数空间中经常出现的小细胞计数。该模型为每个细胞子集和每个样本提供了特异性的后验概率，可用于分析受试者对感染或接种疫苗等外部刺激的免疫反应。

作者:林恩，凯文·乌西，格雷格·菲纳克，拉维奥·科尔德(pheatmap)

维护者:Greg Finak

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("COMPASS")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	指南针
PDF	R脚本	SimpleCOMPASS
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文本		新闻

细节

biocViews	FlowCytometry，ImmunoOncology，软件
版本	1.36.0
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0.3)
进口	方法,Rcpp，data.table，RColorBrewer，尺度、网格plyr，knitr，abind，线索， grDevices, utils，pdist，magrittr，reshape2，dplyr，tidyr，rlang，BiocStyle，rmarkdown，foreach，coda
链接	Rcpp(> = 0.11.0)它
建议	flowWorkspace(> = 3.33.1),flowCore，ncdfFlow，闪亮的，testthat，devtools，flowWorkspaceData，ggplot2，进步
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/RGLab/COMPASS/issues
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包档案

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源包	COMPASS_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	COMPASS_1.36.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	COMPASS_1.36.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	COMPASS_1.36.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/COMPASS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/COMPASS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/COMPASS/
软件包下载报告	下载数据