CNVMetrics

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVMetrics

拷贝数变量度量

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CNVMetrics包计算相似性度量，以促进样本和/或方法之间的拷贝数变化比较。相似性度量可用于比较基因不相关样本和具有共同遗传背景的样本的CNV谱。有些指标基于共享的放大/删除区域，而其他指标依赖于放大/删除级别。用作输入的数据类型是一个纯文本文件，其中包含拷贝数变化的基因组位置，以及状态和/或log2比值值。最后，提供了一个可视化工具来研究结果度量。

作者:Astrid Deschênes [aut, cre]，帕斯卡·贝洛[au]， David A. Tuveson [au]， Alexander Krasnitz [au]

维护人员:Astrid Deschênes

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CNVMetrics")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CNVMetrics”)

超文本标记语言	R脚本	拷贝数变量度量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，CopyNumberVariation，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocParallel、方法、magrittr统计数据,pheatmap，gridExtra, grDevices
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetricshttps://krasnitzlab.github.io/CNVMetrics/
BugReports	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetrics/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CNVMetrics_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CNVMetrics_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CNVMetrics_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CNVMetrics_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVMetrics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVMetrics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVMetrics/
包下载报告	下载数据